Российские распределенные вычисления на платформе BOINC
Форум участников распределённых вычислений.

Добро пожаловать, Гость! Чтобы использовать все возможности Вход или Регистрация.

Уведомление

Icon
Error

4 Страницы123>»
Опции
К последнему сообщению К первому непрочитанному
Offline bestdrug  
#1 Оставлено : 18 декабря 2008 г. 19:10:41(UTC)
bestdrug


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
Сообщений: 62

Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
Уважаемые участники форума. Меня зовут Андрей Воронков, сотрудник химического факультета МГУ. Наша научная группа занимается компьютерным моделированием пространственной структуры белков, важных для различных заболеваний, таких как рак, СПИД, болезнь Альцгеймера, а также белков участвующих в регуляции активности стволовых клеток(регенеративная медицина, в перспективе борьба со старением). Сейчас в связи с необходимостью проведения длительной молекулярной динамики для некоторых биологических мишеней задался вопросом поиска компьютерных мощностей.
По сравнению с РВ даже суперкомпьютеры в среднем обладают достаточно низкой производительностью (например Jaguar и Roadrunner по сравнению с ресурсами FOLDING@HOME), к тому же администрацией суперкомпьютеров часто ставится ряд ограничений для проектов.

Поэтому хочу предложить создание проекта, аналога Find a Drug (раз тот прекратил существование) и PREDICTOR@HOME, FOLDING@HOME.
Основная задача - молекулярная динамика, фолдинг белков (как в PREDICTOR@HOME, FOLDING@HOME).
Дополнительная задача - скрининг больших баз данных биологически активных соединений (как в FINDADRUG@HOME).
Софт – GROMACS, насчет софта для докинга надо думать.
Со своей стороны могу обещать: предоставление для расчетов интересных, актуальных и малоизученных биологических мишеней, организационную сторону проекта и внедрение результатов расчетов.

Преимущества проекта перед другими:

- Намного больше бонусов должно уделяться лучшим командам. В частности как минимум можно в научных статьях по результатам расчетов писать благодарности например 10 лучшим командам и их лидерам.
- Предполагается, что часть мишеней будет считаться на основе заявок различных ученых, что позволит любому ученому, или научной группе предложить биомишень для расчета.
- Часть заявок предположительно будет отбираться экспертным советом, а часть сообществом - людьми предоставляющими свои ресурсы.
- Проведение активной рекламной политики по привлечению участников (как из России так и из-за рубежа) в проект. Это может включать разработку логотипа и сувенирной продукции, которая наряду с пожертвованиями поможет финансировать проект и его развитие.
- Открытая финансовая политика и отчетность. Скорее всего проект планируется как некоммерческий. Если коммерческая часть будет, то только в области внедрения лекарственных препаратов. Причем в случае наличия коммерческой составляющей думаю можно будет привлекать участников сообщества проекта к участию в его управлении (crowd sourcing, crowd funding и crowd management).

ТРЕБУЕТСЯ ОТ СООБЩЕСТВА:
Составление и обсуждение организационного и технического плана проекта. Обсуждение требований к серверу, к программному обеспечению. Возможно какая-то модификация кода. Любые предложения по созданию и организации проекта.
Offline arenda13  
#2 Оставлено : 18 декабря 2008 г. 21:49:23(UTC)
arenda13


Статус: Старожил

Медали: Переводчику: За помощь в создании сайта

Группы: Member, Russia Team Group, Moderators
Зарегистрирован: 05.10.2007(UTC)
Сообщений: 771
Мужчина
Откуда: Москва

Сказал «Спасибо»: 69 раз
Поблагодарили: 50 раз в 43 постах
bestdrug написал:
Уважаемые участники форума. Меня зовут Андрей Воронков, сотрудник химического факультета МГУ.

Добрый день, Андрей.

bestdrug написал:
Наша научная группа занимается компьютерным моделированием пространственной структуры белков, важных для различных заболеваний, таких как рак, СПИД, болезнь Альцгеймера, а также белков участвующих в регуляции активности стволовых клеток(регенеративная медицина, в перспективе борьба со старением).

Очень радостно читать, что в России есть научные группы, которые готовы работать в больших ресурсоемких проектах.
В этой ветке: Идеи и предложения мы обсуждали попытки найти таких людей в России. И вот, мы с Вами встретились.Boo hoo!

bestdrug написал:
Сейчас в связи с необходимостью проведения длительной молекулярной динамики для некоторых биологических мишеней задался вопросом поиска компьютерных мощностей.

Компьютерные мощности есть.

bestdrug написал:
Со своей стороны могу обещать: предоставление для расчетов интересных, актуальных и малоизученных биологических мишеней, организационную сторону проекта и внедрение результатов расчетов.

Хорошо. bud

bestdrug написал:
Преимущества проекта перед другими:

Самое большое преимущество, что это РОССИЙСКИЙ проект. с определенными задачами и ясными целями.

bestdrug написал:

- Намного больше бонусов должно уделяться лучшим командам.

Каких бонусов? Очков? Не подойдет.

bestdrug написал:
В частности как минимум можно в научных статьях по результатам расчетов писать благодарности например 10 лучшим командам и их лидерам.

А это, да. Такого рода результаты интересны.

bestdrug написал:

- Предполагается, что часть мишеней будет считаться на основе заявок различных ученых, что позволит любому ученому, или научной группе предложить биомишень для расчета.
- Часть заявок предположительно будет отбираться экспертным советом, а часть сообществом - людьми предоставляющими свои ресурсы.

А это непонятно. Вы собираетесь сделать проект для расчетов задач своей группы, или хотите создать организацию, которая будет выделять РВ для расчетов разных заданий разных ученых? Так сказать, стать "техническим руководителем"?


bestdrug написал:

- Проведение активной рекламной политики по привлечению участников (как из России так и из-за рубежа) в проект. Это может включать разработку логотипа и сувенирной продукции, которая наряду с пожертвованиями поможет финансировать проект и его развитие.

Это детали.

bestdrug написал:

- Открытая финансовая политика и отчетность. Скорее всего проект планируется как некоммерческий. Если коммерческая часть будет, то только в области внедрения лекарственных препаратов. Причем в случае наличия коммерческой составляющей думаю можно будет привлекать участников сообщества проекта к участию в его управлении (crowd sourcing, crowd funding и crowd management).


Область внедрения лекарственных средств - "предмет темный и обследыванию не подлежит"
Коммерческой составляющей должны заниматься профессионалы. Или, в крайнем случае, узкая группа людей. А если финансами и развитием безнеса управляют все на основе мнения большинства, то добиться можно только банкротства.
Был проект коммерческого использования ресурсов распределенных вычислений: "Gridfinity.com". - сайт уже недоступен.

bestdrug написал:
ТРЕБУЕТСЯ ОТ СООБЩЕСТВА:
Составление и обсуждение организационного и технического плана проекта. Обсуждение требований к серверу, к программному обеспечению. Возможно какая-то модификация кода. Любые предложения по созданию и организации проекта.


А куда же мы денемся.

P.S. Все написанное выше является исключительно личным мнением автора, даже если указано во множественном числе.

Отредактировано пользователем 18 декабря 2008 г. 22:41:37(UTC)  | Причина: Не указана

UserPostedImage
Offline bestdrug  
#3 Оставлено : 19 декабря 2008 г. 21:59:54(UTC)
bestdrug


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
Сообщений: 62

Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
Цитата:

А это непонятно. Вы собираетесь сделать проект для расчетов задач своей группы, или хотите создать организацию, которая будет выделять РВ для расчетов разных заданий разных ученых? Так сказать, стать "техническим руководителем"?


Загрузить своими проектами расчетные мощности не проблема. Мне нравится система в ROSETA@HOME - на сервере robetta.org могут делать расчеты все желающие(я там считаю часть своей работы, так что сразу хочу сказать спасибо всем кто участвует в ROSETTA@HOME). Мне кажется вполне демократичным допускать к ресурсам некоторые проекты со стороны, какую-то часть. Например половину, или 30%, или определенное число, например 10 проектов в год, или выделять определенное число компьютеро-часов для таких проектов.


Цитата:

Область внедрения лекарственных средств - [i]"предмет темный и обследыванию не подлежит". Коммерческой составляющей должны заниматься профессионалы. Или, в крайнем случае, узкая группа людей. А если финансами и развитием безнеса управляют все на основе мнения большинства, то добиться можно только банкротства.Был проект коммерческого использования ресурсов распределенных вычислений: "Gridfinity.com". - сайт уже недоступен.


Ну это все в порядке обсуждения, можно этого и не делать.

Цитата:

А куда же мы денемся.


Большое спасибо за ответ. Хочу сначала обсудить здесь, потом еще на других форумах размещу сообщение.
Offline kvic  
#4 Оставлено : 19 декабря 2008 г. 23:01:42(UTC)
kvic


Статус: Частенько заглядывает

Медали: Сайтостроителю: За помощь в развитии сайта.

Группы: Member, Moderators
Зарегистрирован: 03.10.2007(UTC)
Сообщений: 68
Мужчина
Откуда: Тула

Поблагодарили: 2 раз в 2 постах
bestdrug написал:

Большое спасибо за ответ. Хочу сначала обсудить здесь, потом еще на других форумах размещу сообщение.

Думаю, можно и на polarseti.ru разместить. Whistle
Offline hoarfrost  
#5 Оставлено : 21 декабря 2008 г. 22:03:53(UTC)
hoarfrost


Статус: Старожил

Медали: Переводчику: За помощь в создании сайтаРазработчику: За разработку приложения CluBORunДонор: За финансовую помощь сайту

Группы: Editors, Member, Administration, Moderator Crystal Dream, Moderators, Crystal Dream Group
Зарегистрирован: 05.10.2007(UTC)
Сообщений: 8,341
Мужчина
Откуда: Crystal Dream

Сказал «Спасибо»: 1217 раз
Поблагодарили: 1666 раз в 1062 постах
Попробовал несколько раз прочитать первое сообщение.
bestdrug написал:

Поэтому хочу предложить создание проекта, аналога Find a Drug (раз тот прекратил существование) и PREDICTOR@HOME, FOLDING@HOME.

Хочу на всякий случай уточнить - правильно ли я понимаю, что сейчас вы (и/или ваша группа) думаете о создании проекта РВ? То есть у вас его ещё нет?

Цитата:
Со своей стороны могу обещать: предоставление для расчетов интересных, актуальных и малоизученных биологических мишеней, организационную сторону проекта и внедрение результатов расчетов.

То есть, вы предполагаете найти, скажем так, плафторму для существования проекта (например - рабочий BOINC-сервер), который будете нагружать заданиями?

Цитата:
Преимущества проекта перед другими:

- Намного больше бонусов должно уделяться лучшим командам. В частности как минимум можно в научных статьях по результатам расчетов писать благодарности например 10 лучшим командам и их лидерам.

Прикольно. Но возможно что правильнее будет делать как в остальных проектах - просто указывать на сайт BOINC-проекта и говорить большое спасибо всем участникам.

Цитата:
- Предполагается, что часть мишеней будет считаться на основе заявок различных ученых, что позволит любому ученому, или научной группе предложить биомишень для расчета.
- Часть заявок предположительно будет отбираться экспертным советом, а часть сообществом - людьми предоставляющими свои ресурсы.

Честно говоря из кранчеров эти моменты мало кого будут интересновать (если только не будет скандалов).

Цитата:
- Проведение активной рекламной политики по привлечению участников (как из России так и из-за рубежа) в проект. Это может включать разработку логотипа и сувенирной продукции, которая наряду с пожертвованиями поможет финансировать проект и его развитие.

Скажите пожалуйста, а вы сами участвуете в РВ или нет. Просто после прочтения этого пункта, мне мне показалось, что вы не совсем понимаете что это такое. Самый лучший способ привлечения кранчеров в проект РВ - это его стабильность и справедливость начисления CS. А вот для того, чтобы в сами РВ привлекать народ - вот тут да, тут уже нужна какая-нибудь реклама. Например выступление ректора МГУ в новостях.

На мой взгляд, очень важно понять что это две разные вещи.
Чтобы набрать мощностей "a la" Rosetta@Home вам надо будет сделать стабильный проект - без сбоев в клиенте, со стабильной работой сервера, с какими-то подтверждениями его важности. Чего на данный момент, кстати, смог добиться ТОЛЬКО Einstein@Home и CPDN. Потому что по каким-то причинам это сложно. (По каким не знаю потому, что BOINC-проектами не рулил). Причём надо отметить, что никакой "политики по привлечению участников (как из России так и из-за рубежа)" не потребуется - сами прибегут, да ещё и Россию в стастистике задавят "как нефиг делать". Если, конечно, см. выше.

Если же хотите получить больше, чем в Розетте, то тут нужна рекламная компания. Нужно будет сделать подробнейшие со одной стороны и краткие - с другой FAQ-и, разместить их на различных сайтах команд и т.д. и т.п. - чтобы когда народ хлынул он смог прочитать что и к чему.

Цитата:
- Открытая финансовая политика и отчетность. Скорее всего проект планируется как некоммерческий. Если коммерческая часть будет, то только в области внедрения лекарственных препаратов. Причем в случае наличия коммерческой составляющей думаю можно будет привлекать участников сообщества проекта к участию в его управлении (crowd sourcing, crowd funding и crowd management).

Отчётность - это здорово и интересно. А вот насчёт управления - вы "загнули". Кранчеры и так будут управлять этим проектом, выделяя или забирая из него свои мощности.

Цитата:
ТРЕБУЕТСЯ ОТ СООБЩЕСТВА:
Составление и обсуждение организационного и технического плана проекта.

А чем мы тут можем помочь?

Цитата:
Обсуждение требований к серверу, к программному обеспечению.

Мне кажется что проще спросить у организаторов других проектов. Но кластера МГУ уж точно хватит. Или его узлов вам не дают? Если не дают, то почему?
UserPostedImage
Offline bestdrug  
#6 Оставлено : 22 декабря 2008 г. 1:04:20(UTC)
bestdrug


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
Сообщений: 62

Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
Цитата:
правильно ли я понимаю, что сейчас вы (и/или ваша группа) думаете о создании проекта РВ?

Если бы он был, здесь бы уже была на него ссылка.

Цитата:

То есть, вы предполагаете найти, скажем так, плафторму для существования проекта (например - рабочий BOINC-сервер), который будете нагружать заданиями?

Именно так. Точнее сервер то найти можно, т.е. матриальную сторону вопроса я могу попробовать организовать, а вот технчиескую - установку софта на сервер и т.п. пока нет.

Цитата:

Прикольно. Но возможно что правильнее будет делать как в остальных проектах - просто указывать на сайт BOINC-проекта и говорить большое спасибо всем участникам.

Это обсуждаемо. Как будет интереснее сообществу.

Цитата:

Честно говоря из кранчеров эти моменты мало кого будут интересновать (если только не будет скандалов).


Это очень важно. Если считает только одна научная группа, как например в Стэнфорде, то проект будет достаточно узконаправлен, всегда. В обалсть интересов этой научной группы.

Цитата:

Скажите пожалуйста, а вы сами участвуете в РВ или нет. Просто после прочтения этого пункта, мне мне показалось, что вы не совсем понимаете что это такое. Самый лучший способ привлечения кранчеров в проект РВ - это его стабильность и справедливость начисления CS. А вот для того, чтобы в сами РВ привлекать народ - вот тут да, тут уже нужна какая-нибудь реклама. Например выступление ректора МГУ в новостях.

Да у меня считается ROSETTA@HOME, но меня совершенно не волнуют ни CS ни что либо еще, у меня нет спортивного интереса в это вопросе. Просто знаю, что это нужно. Да реклама может быть разная. Если у проекта будет неплохая мощность и интересные результаты, то подобная поддержка со стороны ведущих ученых вполне возможна, опять же если проект будет работать не только на одну научную группу.

Цитата:

На мой взгляд, очень важно понять что это две разные вещи.
Чтобы набрать мощностей "a la" Rosetta@Home вам надо будет сделать стабильный проект - без сбоев в клиенте, со стабильной работой сервера, с какими-то подтверждениями его важности. Чего на данный момент, кстати, смог добиться ТОЛЬКО Einstein@Home и CPDN. Потому что по каким-то причинам это сложно. (По каким не знаю потому, что BOINC-проектами не рулил). Причём надо отметить, что никакой "политики по привлечению участников (как из России так и из-за рубежа)" не потребуется - сами прибегут, да ещё и Россию в стастистике задавят "как нефиг делать". Если, конечно, см. выше.


Вот мне интересно понять насколько это сложно и можно ли уже использовать готовую инфраструктуру, хотел бы здесь получить ответ. Насчет рекламы - реклама должна быть расчитана не на "полупрофессиональных" участников РВ-соревнований, а на всех остальных. Для тех кто тусуется в сообществе, как Вы точно заметили важны будут другие показатели.


Цитата:
Если же хотите получить больше, чем в Розетте, то тут нужна рекламная компания. Нужно будет сделать подробнейшие со одной стороны и краткие - с другой FAQ-и, разместить их на различных сайтах команд и т.д. и т.п. - чтобы когда народ хлынул он смог прочитать что и к чему.

Да это все не так сложно, сложнее всего действительно сделать стабильный проект без сбоев.

Цитата:

Отчётность - это здорово и интересно. А вот насчёт управления - вы "загнули". Кранчеры и так будут управлять этим проектом, выделяя или забирая из него свои мощности.

Согласен. Все подобные вещи стоит выработать в процессе обсуждения.

Цитата:
ТРЕБУЕТСЯ ОТ СООБЩЕСТВА:
Составление и обсуждение организационного и технического плана проекта.
А чем мы тут можем помочь?

Здесь есть программисты, етсь люди которые могут организовать техническую сторону проекта? (не материальную а именно программную). Именно это хотелось бы выяснить.

Цитата:
Обсуждение требований к серверу, к программному обеспечению.
Мне кажется что проще спросить у организаторов других проектов. Но кластера МГУ уж точно хватит. Или его узлов вам не дают? Если не дают, то почему?


Дают, как раз сейчас получил к нему доступ. Для каких-то задач безусловно хватит. Для каких-то нет. Смотря какие мощности будут у РВ-проекта. Ну и к тому же есть чувство патриотизма и кроме того...в общем достойных РВ проектов с научной точки зрения не так уж много. Ведь важно не только насколько качественный клиент в проекте с точки зрения РВ, но и насколько он качественный с научной точки зрения и насколько будут востребованы результаты.
Offline hoarfrost  
#7 Оставлено : 22 декабря 2008 г. 2:06:01(UTC)
hoarfrost


Статус: Старожил

Медали: Переводчику: За помощь в создании сайтаРазработчику: За разработку приложения CluBORunДонор: За финансовую помощь сайту

Группы: Editors, Member, Administration, Moderator Crystal Dream, Moderators, Crystal Dream Group
Зарегистрирован: 05.10.2007(UTC)
Сообщений: 8,341
Мужчина
Откуда: Crystal Dream

Сказал «Спасибо»: 1217 раз
Поблагодарили: 1666 раз в 1062 постах
bestdrug написал:

Цитата:

Честно говоря из кранчеров эти моменты мало кого будут интересновать (если только не будет скандалов).


Это очень важно. Если считает только одна научная группа, как например в Стэнфорде, то проект будет достаточно узконаправлен, всегда. В обалсть интересов этой научной группы.

Ага! То есть, вырисовывается три группы участников - "игроки от науки", "игроки от РВ" и "потенциальные игроки от РВ".

Цитата:
Цитата:

Скажите пожалуйста, а вы сами участвуете в РВ или нет. Просто после прочтения этого пункта, мне мне показалось, что вы не совсем понимаете что это такое. Самый лучший способ привлечения кранчеров в проект РВ - это его стабильность и справедливость начисления CS. А вот для того, чтобы в сами РВ привлекать народ - вот тут да, тут уже нужна какая-нибудь реклама. Например выступление ректора МГУ в новостях.

Да у меня считается ROSETTA@HOME, но меня совершенно не волнуют ни CS ни что либо еще, у меня нет спортивного интереса в это вопросе. Просто знаю, что это нужно.

А спортивный аспект, на самом деле важен. Потом что если без осознания важности проекта никто (или почти никто) его вообще не будет считать, то состязательность позволяет получать проектам всё новые и новые мощности. Подозреваю, что если бы не существовало бы системы статистики BOINC, то в проектах на его основе было бы гораздо меньше мощностей и участников.

Цитата:
Вот мне интересно понять насколько это сложно и можно ли уже использовать готовую инфраструктуру, хотел бы здесь получить ответ.

Сам BOINC не настраивал и даже в исходники не заглядывал. Но, к примеру, не так давно появился (правда ныне переживает сложные времена) проект Ramsey@Home организатор которого вообще писал что он не особо разбирается в программировании (и, как я понял, он в это время был студеном, который готовился к защите диплома). То есть, значит, - можно!

Цитата:
Насчет рекламы - реклама должна быть расчитана не на "полупрофессиональных" участников РВ-соревнований, а на всех остальных. Для тех кто тусуется в сообществе, как Вы точно заметили важны будут другие показатели.

Но лучше отладить все возможные ошибки на кранчерах (обозвав, всё это как "Beta Stage" smile ), а если "попрёт" - рекламу... и ещё бы простаивающие мощности кластера МГУ! (Ведь даже его 10% могут дать до 600 тысяч CS в день - неплохая поддержка для Российского Флага в РВ!)

Цитата:
Цитата:
ТРЕБУЕТСЯ ОТ СООБЩЕСТВА:
Составление и обсуждение организационного и технического плана проекта.
А чем мы тут можем помочь?

Здесь есть программисты, етсь люди которые могут организовать техническую сторону проекта? (не материальную а именно программную). Именно это хотелось бы выяснить.

Ну лично я, честно говоря, Linux вообще не знаю. Ну на C++ в универе программил (и язык сей очень любил). Так что я вряд ли подойду. smile

Цитата:
Цитата:
Обсуждение требований к серверу, к программному обеспечению.
Мне кажется что проще спросить у организаторов других проектов. Но кластера МГУ уж точно хватит. Или его узлов вам не дают? Если не дают, то почему?


Дают, как раз сейчас получил к нему доступ. Для каких-то задач безусловно хватит. Для каких-то нет. Смотря какие мощности будут у РВ-проекта. Ну и к тому же есть чувство патриотизма и кроме того...в общем достойных РВ проектов с научной точки зрения не так уж много. Ведь важно не только насколько качественный клиент в проекте с точки зрения РВ, но и насколько он качественный с научной точки зрения и насколько будут востребованы результаты.

Э-э-э-х! Хорошо бы! А там глядишь, и удалось бы наш Волгоград поднять "на борьбу с цифирью"!
UserPostedImage
Offline bestdrug  
#8 Оставлено : 22 декабря 2008 г. 11:56:31(UTC)
bestdrug


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
Сообщений: 62

Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
hoarfrost написал:
bestdrug написал:

Цитата:

Честно говоря из кранчеров эти моменты мало кого будут интересновать (если только не будет скандалов).


Это очень важно. Если считает только одна научная группа, как например в Стэнфорде, то проект будет достаточно узконаправлен, всегда. В обалсть интересов этой научной группы.

Ага! То есть, вырисовывается три группы участников - "игроки от науки", "игроки от РВ" и "потенциальные игроки от РВ".

Цитата:
Цитата:

Скажите пожалуйста, а вы сами участвуете в РВ или нет. Просто после прочтения этого пункта, мне мне показалось, что вы не совсем понимаете что это такое. Самый лучший способ привлечения кранчеров в проект РВ - это его стабильность и справедливость начисления CS. А вот для того, чтобы в сами РВ привлекать народ - вот тут да, тут уже нужна какая-нибудь реклама. Например выступление ректора МГУ в новостях.

Да у меня считается ROSETTA@HOME, но меня совершенно не волнуют ни CS ни что либо еще, у меня нет спортивного интереса в это вопросе. Просто знаю, что это нужно.

А спортивный аспект, на самом деле важен. Потом что если без осознания важности проекта никто (или почти никто) его вообще не будет считать, то состязательность позволяет получать проектам всё новые и новые мощности. Подозреваю, что если бы не существовало бы системы статистики BOINC, то в проектах на его основе было бы гораздо меньше мощностей и участников.

Цитата:
Вот мне интересно понять насколько это сложно и можно ли уже использовать готовую инфраструктуру, хотел бы здесь получить ответ.

Сам BOINC не настраивал и даже в исходники не заглядывал. Но, к примеру, не так давно появился (правда ныне переживает сложные времена) проект Ramsey@Home организатор которого вообще писал что он не особо разбирается в программировании (и, как я понял, он в это время был студеном, который готовился к защите диплома). То есть, значит, - можно!

Цитата:
Насчет рекламы - реклама должна быть расчитана не на "полупрофессиональных" участников РВ-соревнований, а на всех остальных. Для тех кто тусуется в сообществе, как Вы точно заметили важны будут другие показатели.

Но лучше отладить все возможные ошибки на кранчерах (обозвав, всё это как "Beta Stage" smile ), а если "попрёт" - рекламу... и ещё бы простаивающие мощности кластера МГУ! (Ведь даже его 10% могут дать до 600 тысяч CS в день - неплохая поддержка для Российского Флага в РВ!)

Цитата:
Цитата:
ТРЕБУЕТСЯ ОТ СООБЩЕСТВА:
Составление и обсуждение организационного и технического плана проекта.
А чем мы тут можем помочь?

Здесь есть программисты, етсь люди которые могут организовать техническую сторону проекта? (не материальную а именно программную). Именно это хотелось бы выяснить.

Ну лично я, честно говоря, Linux вообще не знаю. Ну на C++ в универе программил (и язык сей очень любил). Так что я вряд ли подойду. smile

Цитата:
Цитата:
Обсуждение требований к серверу, к программному обеспечению.
Мне кажется что проще спросить у организаторов других проектов. Но кластера МГУ уж точно хватит. Или его узлов вам не дают? Если не дают, то почему?


Дают, как раз сейчас получил к нему доступ. Для каких-то задач безусловно хватит. Для каких-то нет. Смотря какие мощности будут у РВ-проекта. Ну и к тому же есть чувство патриотизма и кроме того...в общем достойных РВ проектов с научной точки зрения не так уж много. Ведь важно не только насколько качественный клиент в проекте с точки зрения РВ, но и насколько он качественный с научной точки зрения и насколько будут востребованы результаты.

Э-э-э-х! Хорошо бы! А там глядишь, и удалось бы наш Волгоград поднять "на борьбу с цифирью"!


Со всем согласен. ROSETTA@HOME насколько я знаю делала Bakerlab bakerlab.org
там точно не студенты. Хотя возможно непосредственно ROSETTA@HOME начинали делать еще в студенческие годы.
Offline bestdrug  
#9 Оставлено : 22 декабря 2008 г. 12:02:24(UTC)
bestdrug


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
Сообщений: 62

Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
Кстати, вполне возможно, что если будет российский проект РВ по фолдингу, то к нему удастся подключить незагруженные мощности академических суперкомпьютеров.
Offline Makc  
#10 Оставлено : 22 декабря 2008 г. 15:28:38(UTC)
Makc

Статус: Member

Группы: Member
Зарегистрирован: 10.10.2007(UTC)
Сообщений: 14
Мужчина
Откуда: Москва

bestdrug написал:
Именно так. Точнее сервер то найти можно, т.е. матриальную сторону вопроса я могу попробовать организовать, а вот технчиескую - установку софта на сервер и т.п. пока нет.

Затраты на железо и софт будут немалые. Железо, софт, помещение, трафик... Взгляните на сетевое хозяйство той же Розетты.

Цитата:
...сложнее всего действительно сделать стабильный проект без сбоев...
...Ведь важно не только насколько качественный клиент в проекте с точки зрения РВ, но и насколько он качественный с научной точки зрения и насколько будут востребованы результаты.

Стабильность клиента – залог успеха всего проекта. Ищите программистов, которые готовы написать, отладить и, самое главное, поддерживать клиента, адаптируя его к постоянно меняющимся задачам (по вашим словам).

Цитата:
Проведение активной рекламной политики по привлечению участников (как из России так и из-за рубежа) в проект. Это может включать разработку логотипа и сувенирной продукции, которая наряду с пожертвованиями поможет финансировать проект и его развитие.

Это бесприбыльная затея. :-(( Seti@Home на своём сайте в открытую побирается.
Составляйте бизнес-план. Взывайте к спонсорам – производителям лекарств. Любительством тут и не пахнет.
Offline hoarfrost  
#11 Оставлено : 23 декабря 2008 г. 0:17:11(UTC)
hoarfrost


Статус: Старожил

Медали: Переводчику: За помощь в создании сайтаРазработчику: За разработку приложения CluBORunДонор: За финансовую помощь сайту

Группы: Editors, Member, Administration, Moderator Crystal Dream, Moderators, Crystal Dream Group
Зарегистрирован: 05.10.2007(UTC)
Сообщений: 8,341
Мужчина
Откуда: Crystal Dream

Сказал «Спасибо»: 1217 раз
Поблагодарили: 1666 раз в 1062 постах
Makc написал:
bestdrug написал:
Проведение активной рекламной политики по привлечению участников (как из России так и из-за рубежа) в проект. Это может включать разработку логотипа и сувенирной продукции, которая наряду с пожертвованиями поможет финансировать проект и его развитие.

Это бесприбыльная затея. :-(( Seti@Home на своём сайте в открытую побирается.
Составляйте бизнес-план. Взывайте к спонсорам – производителям лекарств. Любительством тут и не пахнет.

Как вариант - функционирование проекта за счёт грантов, а вот мощности уже кранчеры подбросят.
UserPostedImage
Offline bestdrug  
#12 Оставлено : 23 декабря 2008 г. 0:26:55(UTC)
bestdrug


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
Сообщений: 62

Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
Цитата:

Затраты на железо и софт будут немалые. Железо, софт, помещение, трафик... Взгляните на сетевое хозяйство той же Розетты.

Конкретные цифры имеются?

Цитата:

Стабильность клиента – залог успеха всего проекта. Ищите программистов, которые готовы написать, отладить и, самое главное, поддерживать клиента, адаптируя его к постоянно меняющимся задачам (по вашим словам).

Начал поиски с этого форума и форума distributed.ru, в принципе кое кто есть среди коллег. Какие еще есть предложения по направлениями поиска?

Цитата:
Это бесприбыльная затея. :-(( Seti@Home на своём сайте в открытую побирается. Составляйте бизнес-план. Взывайте к спонсорам – производителям лекарств. Любительством тут и не пахнет.

Ну тут если какие то финансы сам проект будет генерировать все надо пускать на развитие. А вообще если будут результаты то проект вполне может оказаться достоин грантовсокго и гос финансирования. В общем был бы проект, а финансы найти не так сложно, а чтобы был проект нужны программисты по РВ.

Отредактировано пользователем 23 декабря 2008 г. 2:52:55(UTC)  | Причина: Не указана

Offline Sergey  
#13 Оставлено : 23 декабря 2008 г. 7:51:43(UTC)
Sergey


Статус: Частенько заглядывает

Группы: Member, Russia Team Group
Зарегистрирован: 08.08.2008(UTC)
Сообщений: 87
Мужчина
Откуда: Курск

Поблагодарили: 2 раз в 2 постах
Пишу пост, с полной уверенностью что это очередной "флуд" - пустая информация.
Но свободного времени у меня — есть. На мусорим ...
Сам я - на форуме(команде) человек новый, много не знаю или не понимаю.
Думаю все что могу вам сказать, вы знаете.

smile Но раз уж настойчиво спрашиваете, вот вам - Взгляд с чужой колокольни!!!

  • Будут ли участники РВ считать ваш проект? -Уверен будут, и наши и маде ин.
  • Узнать, мнение о проекте на этом форуме? - Идея хорошая, только проекта нет еще.
  • Найти, программистов — биологов?
    Прежде, чем ваши корабли начнут бороздить просторы вселенной, постройте космопорт....

  • Умных советов ? О... этого добра, завались. Осмелюсь предложить свое мнение, в виде списка мероприятий.

    ___1 Статья о вашем проекте, его отличиях от других(преимуществах). Желательно - многоуровневая с подробными комментариями и ссылками.
    ___2 Разместить статью на сайтах PB.
    ___3 Найти WEB программиста, дизайнера и администратора — создать сайт проекта, с подробным описанием и документацией по фолдингу, мол-динамике, софту - GROMACS. ( В интернете полно описаний, но первое - они не имеют отношения к конкретному проекту, второе - это косвенный показатель серьезности подхода и третье — Люди должны себя чувствовать комфортно на сайте или они там не задержатся.)
    ___4 Связаться с факультетом ВМиК ...

    ___5 И только после этого, понадобятся сервера и их администраторы. При этом они(сервера) не понадобятся все сразу.

    Впрочем вы уже будете знать что именно вам нужно и сколько!

    p.s. Ждем с нетерпением нового проекта(хоть и недолюбливаю биологию).
    p.p.s. Так и не понял, что такое докинг?- такое модное слово smile

    Отредактировано пользователем 30 декабря 2008 г. 15:35:59(UTC)  | Причина: Не указана

  • UserPostedImage
    Offline Makc  
    #14 Оставлено : 23 декабря 2008 г. 14:37:55(UTC)
    Makc

    Статус: Member

    Группы: Member
    Зарегистрирован: 10.10.2007(UTC)
    Сообщений: 14
    Мужчина
    Откуда: Москва

    Sergey написал:
    Пишу пост, с полной уверенностью что это очередной "флуд" - пустая информация.
    Но свободного времени у меня — есть. На мусорим ...
    Сам я - на форуме(команде) человек новый, много не знаю или не понимаю.
    Думаю все что могу вам сказать, вы знаете.

    smile Но раз уж настойчиво спрашиваете, вот вам - Взгляд с чужой колокольни!!!
    p.p.s. Так и не понял, что такое докинг?- такое модное слово smile

    Да это готовый план действий для инициатора вышеуказанного проекта! respect
    И колокольня дружественная такая. smile

    Sergey написал:
    p.p.s. Так и не понял, что такое докинг?- такое модное слово smile

    P.S. Это логистика Вам навеяла: там так называют схему движения товара.
    Здесь докинг – перебор молекул на предмет совпадения их активной части с выбранной мишенью (по аналогии с кораблём, заходящим в док).
    О драг-дизайне можно прочесть тут и тут.

    Отредактировано пользователем 23 декабря 2008 г. 15:21:48(UTC)  | Причина: Не указана

    Offline Sergey  
    #15 Оставлено : 23 декабря 2008 г. 15:46:18(UTC)
    Sergey


    Статус: Частенько заглядывает

    Группы: Member, Russia Team Group
    Зарегистрирован: 08.08.2008(UTC)
    Сообщений: 87
    Мужчина
    Откуда: Курск

    Поблагодарили: 2 раз в 2 постах
    Спасибо, за информацию ...
    Цитата:
    P.S. Это логистика Вам навеяла: там так называют схему движения товара.
    Здесь докинг – перебор молекул на предмет совпадения их активной части с выбранной мишенью (по аналогии с кораблём, заходящим в док).
    О драг-дизайне можно прочесть тут и тут.

    Отличный сайт, есть что почитать smile
    Особенно радел - "Лженаука".

    Интуитивно я понимал что означает докинг. Хотелось услышать ответ, от компетентного человека.

    Отредактировано пользователем 23 декабря 2008 г. 16:59:41(UTC)  | Причина: Не указана

    UserPostedImage
    Offline Makc  
    #16 Оставлено : 23 декабря 2008 г. 16:56:51(UTC)
    Makc

    Статус: Member

    Группы: Member
    Зарегистрирован: 10.10.2007(UTC)
    Сообщений: 14
    Мужчина
    Откуда: Москва

    Sergey написал:
    Хотелось услышать ответ от компетентного человека.

    Спасибо, вообще-то я – полиграфист... redface
    Offline Andrey  
    #17 Оставлено : 23 декабря 2008 г. 20:32:59(UTC)
    Andrey


    Статус: Интересующийся

    Группы: Member
    Зарегистрирован: 04.10.2007(UTC)
    Сообщений: 25
    Мужчина
    Откуда: Брянск

    bestdrug написал:
    ТРЕБУЕТСЯ ОТ СООБЩЕСТВА:
    Составление и обсуждение организационного и технического плана проекта. Обсуждение требований к серверу, к программному обеспечению. Возможно какая-то модификация кода. Любые предложения по созданию и организации проекта.


    Единственная трезвая мысль со всего разговора, остальное вода на киселе. Если решили организовать проект, то у вас в голове должны быть уже четко видны цели и задачи будущего проекта, а также способы их достижения (это про научную часть).
    Второе, не знаю что такое CROMACS, но видно что-то страшное и неподъемное. Вы уж определитесь с платформой, BOINC более раскрученная вещь и вам просто надо будет войти в ее состав (соответсвенно сначала видоизменив заготовки под свой проект). С CROMACS думаю вам понадобиться начинать все с нуля, сооружать сервер и клиента.
    Ну и последнее, не плохо бы было узнать характеристики того, к чему уже получили доступ. Мммм... и адреса обратные, крайне неприлично не оставлять...
    UserPostedImage
    Offline hoarfrost  
    #18 Оставлено : 23 декабря 2008 г. 22:36:59(UTC)
    hoarfrost


    Статус: Старожил

    Медали: Переводчику: За помощь в создании сайтаРазработчику: За разработку приложения CluBORunДонор: За финансовую помощь сайту

    Группы: Editors, Member, Administration, Moderator Crystal Dream, Moderators, Crystal Dream Group
    Зарегистрирован: 05.10.2007(UTC)
    Сообщений: 8,341
    Мужчина
    Откуда: Crystal Dream

    Сказал «Спасибо»: 1217 раз
    Поблагодарили: 1666 раз в 1062 постах
    Andrey написал:
    Второе, не знаю что такое CROMACS, но видно что-то страшное и неподъемное. Вы уж определитесь с платформой, BOINC более раскрученная вещь и вам просто надо будет войти в ее состав (соответсвенно сначала видоизменив заготовки под свой проект). С CROMACS думаю вам понадобиться начинать все с нуля, сооружать сервер и клиента.

    GROMACS это, как я понимаю, библиотека для расчётов под молекулярной динамике.
    UserPostedImage
    Offline bestdrug  
    #19 Оставлено : 25 декабря 2008 г. 13:06:30(UTC)
    bestdrug


    Статус: Интересующийся

    Группы: Member
    Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
    Сообщений: 62

    Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
    Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
    Sergey написал:
    Пишу пост, с полной уверенностью что это очередной "флуд" - пустая информация.
    Но свободного времени у меня — есть. На мусорим ...
    Сам я - на форуме(команде) человек новый, много не знаю или не понимаю.
    Думаю все что могу вам сказать, вы знаете.

    smile Но раз уж настойчиво спрашиваете, вот вам - Взгляд с чужой колокольни!!!

  • Будут ли участники РВ считать ваш проект? -Уверен будут, и наши и маде ин.
  • Узнать, мнение о проекте на этом форуме? - Идея хорошая, только проекта нет еще.
  • Найти, программистов — биологов?
    Прежде, чем ваши корабли начнут бороздить просторы вселенной, постройте космопорт....

    Вам нужны, очень крутые программисты, коих единицы. Это же не расчет простых чисел. А они(программисты), на голое место не перепрыгнут!

    И немного философии о программистах:
    Хороший программист всегда занят, находится в творческом поиске решения любимой или не любимой задачи в противоположность к админу... Что у них общего это лень и инертность, нужен серьезный повод и комфортные условия чтобы переключить свои регистры на решение другой(вашей) проблемы. Системный программист не станет решать проблемы бухгалтерии и т.д. Программисты прикладники это специалисты с модификатором супер, пример - есть бухгалтер а есть супер-бухгалтер или биолог и супер-биолог. Иногда программисты становятся бухгалтерами или биологами реже наоборот. Почему реже? - все просто программирование это искусство и другой образ мышления, его нельзя изучить его формируют годами или имеютSilenced . Проанализируйте сколько выпускников Биофака стало хорошими программистами. Программы пишут как картины - Торвальдс всю жизнь пишет и переписывает ядро системы. Не бывает универсальных программистов. Человек, знающий язык программирования не всегда программист.
    Я не уверен что вам удастся, сразу найти программиста занимающегося проблемой фолдинга белков. Хотя все может быть начните поиск от CROMACS, NanoEngineer хотя вот есть программист почитайте этот форум

  • Умных советов ? О... этого добра, завались. Осмелюсь предложить свое мнение, в виде списка мероприятий.

    ___1 Статья о вашем проекте, его отличиях от других(преимуществах). Желательно - многоуровневая с подробными комментариями и ссылками.
    ___2 Разместить статью на сайтах PB.
    ___3 Найти WEB программиста, дизайнера и администратора — создать сайт проекта, с подробным описанием и документацией по фолдингу, мол-динамике, софту - GROMACS. ( В интернете полно описаний, но первое - они не имеют отношения к конкретному проекту, второе - это косвенный показатель серьезности подхода и третье — Люди должны себя чувствовать комфортно на сайте или они там не задержатся, вам предстоит доказать программистам что бабочки интереснее марок)
    ___4 Объявить конкурс, на вакансии должности руководителя группы программистов, рядовых программистов. С требованием обязательного знания мол-динамики, "folding" белков и языков программирования С , С++, Python и желательно Фортран.
    Поскольку таковых не окажется(специфика редкая, если сразу найдете читайте анекдот про специалиста) , выход - программисты быстро обучаются, когда есть интерес и уверенность в том, что им это может пригодиться. Быстро не значит мгновенно. Конкурс должен быть с гарантированной отсрочкой >= пол года. В течении которых на сайте им должна оказываться информационная помощь в изучении фолдинга, мол-динамики и опубликована конкурсная задача (задачи).

    ___5 И только после этого, понадобятся сервера и их администраторы. При этом они(сервера) не понадобятся все сразу.

    Впрочем, когда вы найдете программистов, вы уже будете знать что именно вам нужно и сколько!

    p.s. Ждем с нетерпением нового проекта(хоть и недолюбливаю биологию).
    p.p.s. Так и не понял, что такое докинг?- такое модное слово smile


  • Большое спасибо за ответ. Тема действительно начата чтобы понять с чего вообще начинать. Вот ради таких сообщений и начал тему. Не уверен честно говоря, что программистам обязательно надо понимать фолдинг. Программа GROMACS уже довольно активно используется для фолдинга. с собственно говоря я попробую сначала найти уже все готиовое, возможно уже есть клиенты GROMAC адаптированыне специально например для BOINC.
    Еще такой вопрос- насчет вакансйи В написали, это подразумевается что этим людям надо будет платить или все таки имеются ввиду энтузиасты?
    Конечно гранты и финансирование можно полуиычть, но намного проще под готовый проект для его развития.
    Offline bestdrug  
    #20 Оставлено : 25 декабря 2008 г. 13:12:25(UTC)
    bestdrug


    Статус: Интересующийся

    Группы: Member
    Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
    Сообщений: 62

    Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
    Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
    hoarfrost написал:
    Andrey написал:
    Второе, не знаю что такое CROMACS, но видно что-то страшное и неподъемное. Вы уж определитесь с платформой, BOINC более раскрученная вещь и вам просто надо будет войти в ее состав (соответсвенно сначала видоизменив заготовки под свой проект). С CROMACS думаю вам понадобиться начинать все с нуля, сооружать сервер и клиента.

    GROMACS это, как я понимаю, библиотека для расчётов под молекулярной динамике.

    Это программа для расчетов http://folding.stanford.edu/English/FAQ-gromacs
    активно используемая для молдинамического фолдинга белков.

    PS докинг - это ..хм..руссского то аналога нормального нет, ..."втыкание" молекул (можно сказать метод научного тыкаLiar ) соединений, например органических соединений, молекул потенциальных лекарств в сайты связывания на поверхности белка, в которых они действие белка могут блокировать или активировать.
    Например какой то белок при его повышенной концентрации вызывает рак, мы его блокируем таким веществом - блокируем развитие ракового заболевания.
    Пользователи, просматривающие эту тему
    Guest (2)
    4 Страницы123>»
    Быстрый переход  
    Вы не можете создавать новые темы в этом форуме.
    Вы не можете отвечать в этом форуме.
    Вы не можете удалять Ваши сообщения в этом форуме.
    Вы не можете редактировать Ваши сообщения в этом форуме.
    Вы не можете создавать опросы в этом форуме.
    Вы не можете голосовать в этом форуме.

    Boinc.ru theme. Boinc.ru
    Форум YAF 2.1.1 | YAF © 2003-2018, Yet Another Forum.NET
    Страница сгенерирована за 0.494 секунды.