Российские распределенные вычисления на платформе BOINC
Форум участников распределённых вычислений.

Добро пожаловать, Гость! Чтобы использовать все возможности Вход или Регистрация.

Уведомление

Icon
Error

4 Страницы<1234>
Опции
К последнему сообщению К первому непрочитанному
Offline bestdrug  
#21 Оставлено : 25 декабря 2008 г. 13:15:38(UTC)
bestdrug


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
Сообщений: 62

Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
Кстати у кого нибудь есть предложения по названию?

Вообще изначально хотел считать так или наче биомишени, связанные с процессом старения, так что предполагал antiaging@home
но если будут еще проекты других научных групп и если подключить докинг, то что то типа find a drug @home? М.б. так назвать проект с учетом того что то закрылся?
Protein@home, drugdesign@home

Offline bestdrug  
#22 Оставлено : 25 декабря 2008 г. 13:17:48(UTC)
bestdrug


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
Сообщений: 62

Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
Так proteins@home оказывается есть. Кстати, там на BOINC преокт сделан.
Offline Sergey  
#23 Оставлено : 25 декабря 2008 г. 13:28:17(UTC)
Sergey


Статус: Частенько заглядывает

Группы: Member, Russia Team Group
Зарегистрирован: 08.08.2008(UTC)
Сообщений: 87
Мужчина
Откуда: Курск

Поблагодарили: 2 раз в 2 постах
smile Странный у Вас ход мысли ...

Складывается мнение - в МГУ все очень плохо!
Понимаю так, под простой расчет белка на CROMACS грант не дадут...
Потому как - науки в этом, нет! Вот и спрашивал вас - в чем суть, проекта. Чем он отличается от других?
Цитата:
1)Виртуальный скрининг
2) Молекулярная динамика


Если он отличается - особым отсеиванием лиганд, то нужен алгоритм(правило для вирт.скрининга).
Он есть ???
Если таковой имеется - реализуйте его, проверяйте в CROMACS на BG/p кластере ...
А после эмигрируйте на BOINC.

Отредактировано пользователем 30 декабря 2008 г. 14:29:02(UTC)  | Причина: Не указана

UserPostedImage
Offline hoarfrost  
#24 Оставлено : 25 декабря 2008 г. 23:16:15(UTC)
hoarfrost


Статус: Старожил

Медали: Переводчику: За помощь в создании сайтаРазработчику: За разработку приложения CluBORunДонор: За финансовую помощь сайту

Группы: Editors, Member, Administration, Moderator Crystal Dream, Moderators, Crystal Dream Group
Зарегистрирован: 05.10.2007(UTC)
Сообщений: 8,418
Мужчина
Откуда: Crystal Dream

Сказал «Спасибо»: 1254 раз
Поблагодарили: 1698 раз в 1079 постах
bestdrug написал:
Кстати у кого нибудь есть предложения по названию?

Чего-нибудь запоминающееся. DDS@home например. (Distributed Drug Search|Simulation|...) или что-нибудь в этом роде.
UserPostedImage
Offline ЧАТланин Баг  
#25 Оставлено : 26 декабря 2008 г. 11:55:06(UTC)
ЧАТланин Баг


Статус: Старожил

Группы: Member, Russia Team Group
Зарегистрирован: 02.07.2008(UTC)
Сообщений: 1,403
Мужчина
Российская Федерация
Откуда: Мос. область

Сказал «Спасибо»: 189 раз
Поблагодарили: 155 раз в 122 постах
DDS.ru@home
Ку! UserPostedImage
Таблица видюх -- http://b23.ru/c8xx
Offline bestdrug  
#26 Оставлено : 26 декабря 2008 г. 16:20:13(UTC)
bestdrug


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
Сообщений: 62

Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
Sergey написал:
smile Странный у Вас ход мысли ...

Складывается мнение - в МГУ все очень плохо!
Понимаю так, под простой расчет белка на CROMACS грант не дадут...
Потому как - науки в этом, нет! Вот и спрашивал вас - в чем суть, проекта. Чем он отличается от других?
Цитата:
1)Виртуальный скрининг
2) Молекулярная динамика


Если он отличается - особым отсеиванием лиганд, то нужен алгоритм(правило для вирт.скрининга).
Он есть ???
Если таковой имеется - реализуйте его, проверяйте в CROMACS на BG/p кластере ...
А после эмигрируйте на BOINC.

На форуме, есть программисты, попробуйте сформулировать задачу. Может вас поймут и решат проблемы фолдинга, в качестве разминки.smile

Исходя из -
Цитата:
подразумевается что этим людям надо будет платить или все таки имеются ввиду энтузиасты?
Конечно гранты и финансирование можно полуиычть, но намного проще под готовый проект для его развития.

Получится проект по экономике и назвать его нужно "Балда."smile

Плоская шутка вышла, ну уж как есть не принимайте близко ...
Да вот на гуглил - www.itlab.unn.ru/file.php?id=423
Они GROMACS знают ...


Грант дают необязательно под разработку новых алгоритмов. Могут дать и под расчет структуры белка, если белок важный и актуальный, причем это может оказаться намного важнее, чем разработка нового алгоритма. Да и в общем то можно вообще без грантов.
Для начала предлагается сделать просто проект по молдинамике.
Никакие новые программы и алгоритмы не нужны, те которые существуют сейчас работают приемлемо!
Отличия и преимущества описал подробно в самом первом посте, почитайте пожалуйста.
Вкратце еще раз - отличия от F@H:
- более актуальные и интересные биомишени с точки зрения поиска лекарств
- больше обратной связи с сообществом
- большая демократичность проекта по отношению к другим научным группам
Это три принципиально важных момента.
По алгоритмам расчетов никаких отличий не предполагается!

Четко сказано в первом посте, что я биолог, в распределенных вычислениях разбираюсь плохо! Спросил с чего начать! Есть предложения? Давайте! Что понадобится? Сервер? Клиент? Какой? Потребуются ли деньги? Сколько? Какие специалисты? Есть ответы на эти вопросы? Будет очень здорово если озвучите их! Вот тут был совет начать с сайта, хорошо начнем с этого, а также с форума проекта. Пожалуй на данный момент этого достаточно. Если есть еще конкретные советы, будет здорово, если озвучите.

Отредактировано пользователем 26 декабря 2008 г. 16:38:40(UTC)  | Причина: Не указана

Offline bestdrug  
#27 Оставлено : 26 декабря 2008 г. 16:47:23(UTC)
bestdrug


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
Сообщений: 62

Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
Теперь насчет сайта. Люди, которые сделают сайт есть. В принципе вопрос в доменном имени. Есть пара идей. Больше всего волнует вопрос как сообщество отнеслось бы к названию FIND A DRUG. Репутация предыдущего проекта на Ваш взгляд будет мешать или помогать?
Offline arenda13  
#28 Оставлено : 26 декабря 2008 г. 19:00:36(UTC)
arenda13


Статус: Старожил

Медали: Переводчику: За помощь в создании сайта

Группы: Member, Russia Team Group, Moderators
Зарегистрирован: 05.10.2007(UTC)
Сообщений: 771
Мужчина
Откуда: Москва

Сказал «Спасибо»: 69 раз
Поблагодарили: 50 раз в 43 постах
bestdrug написал:
Теперь насчет сайта. Люди, которые сделают сайт есть. В принципе вопрос в доменном имени. Есть пара идей. Больше всего волнует вопрос как сообщество отнеслось бы к названию FIND A DRUG. Репутация предыдущего проекта на Ваш взгляд будет мешать или помогать?

Мне кажется, самым разумным будет сделать домен третьего уровня на boinc.ru.
UserPostedImage
Offline hoarfrost  
#29 Оставлено : 26 декабря 2008 г. 21:29:56(UTC)
hoarfrost


Статус: Старожил

Медали: Переводчику: За помощь в создании сайтаРазработчику: За разработку приложения CluBORunДонор: За финансовую помощь сайту

Группы: Editors, Member, Administration, Moderator Crystal Dream, Moderators, Crystal Dream Group
Зарегистрирован: 05.10.2007(UTC)
Сообщений: 8,418
Мужчина
Откуда: Crystal Dream

Сказал «Спасибо»: 1254 раз
Поблагодарили: 1698 раз в 1079 постах
arenda13 написал:
bestdrug написал:
Теперь насчет сайта. Люди, которые сделают сайт есть. В принципе вопрос в доменном имени. Есть пара идей. Больше всего волнует вопрос как сообщество отнеслось бы к названию FIND A DRUG. Репутация предыдущего проекта на Ваш взгляд будет мешать или помогать?

Мне кажется, самым разумным будет сделать домен третьего уровня на boinc.ru.

По крайней мере до тех пор, пока проект твёрдо не встанет на ноги.
UserPostedImage
Offline arenda13  
#30 Оставлено : 26 декабря 2008 г. 22:30:23(UTC)
arenda13


Статус: Старожил

Медали: Переводчику: За помощь в создании сайта

Группы: Member, Russia Team Group, Moderators
Зарегистрирован: 05.10.2007(UTC)
Сообщений: 771
Мужчина
Откуда: Москва

Сказал «Спасибо»: 69 раз
Поблагодарили: 50 раз в 43 постах
hoarfrost написал:
arenda13 написал:
bestdrug написал:
Теперь насчет сайта. Люди, которые сделают сайт есть. В принципе вопрос в доменном имени. Есть пара идей. Больше всего волнует вопрос как сообщество отнеслось бы к названию FIND A DRUG. Репутация предыдущего проекта на Ваш взгляд будет мешать или помогать?

Мне кажется, самым разумным будет сделать домен третьего уровня на boinc.ru.

По крайней мере до тех пор, пока проект твёрдо не встанет на ноги.


Это более важно не только для проекта, но и для самого "Boinc.ru".

UserPostedImage
Guest  
#31 Оставлено : 27 декабря 2008 г. 0:51:11(UTC)
Guest

Статус: Гость

Группы: Guest
Зарегистрирован: 28.09.2007(UTC)
Сообщений: 45

Поблагодарили: 2 раз в 2 постах
2 вопроса автору топика:

1. В МГУ разве нет толковых программеров?
2. Я не вполне осведомлён насчёт "кластера в МГУ", но разве люди, отвечающие за его работу не могут Вам ответить на все технические вопросы касательно серверов, их конфигураций, их обслуживания и т.д?

По поводу домена... домен первого уровня стоит 250р в год максимум. Просто смешно их экономить и брать домен 3-го уровня.

По поводу названия проекта... моё сугубо личное мнение, что автору топика стоит проявить в этом и многих других вопросах самостоятельность.

Отредактировано пользователем 27 декабря 2008 г. 1:20:56(UTC)  | Причина: Не указана

Offline arenda13  
#32 Оставлено : 27 декабря 2008 г. 2:25:58(UTC)
arenda13


Статус: Старожил

Медали: Переводчику: За помощь в создании сайта

Группы: Member, Russia Team Group, Moderators
Зарегистрирован: 05.10.2007(UTC)
Сообщений: 771
Мужчина
Откуда: Москва

Сказал «Спасибо»: 69 раз
Поблагодарили: 50 раз в 43 постах
Повторяюсь, домен третьего уровня более важен для проекта "boinc.ru".
А для проекта вычислений это совершенно все равно.
Пример: проект Tanpaku.
адрес: http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp
уж точно не домен второго уровня.
Результаты, до того, пока он не закрылся:

total credit: 366,237,510
users: 16,744

Другие проекты:
http://dist.ist.tugraz.at/cape5/ - RCN
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ - Rosetta

А создатели этих проектов спокойно могли зарегистрировать домен второго уровня за 10 евро в год.

UserPostedImage
Offline bestdrug  
#33 Оставлено : 27 декабря 2008 г. 2:26:37(UTC)
bestdrug


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
Сообщений: 62

Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
outhell написал:
2 вопроса автору топика:

1. В МГУ разве нет толковых программеров?
2. Я не вполне осведомлён насчёт "кластера в МГУ", но разве люди, отвечающие за его работу не могут Вам ответить на все технические вопросы касательно серверов, их конфигураций, их обслуживания и т.д?

По поводу домена... домен первого уровня стоит 250р в год максимум. Просто смешно их экономить и брать домен 3-го уровня.
По поводу названия проекта... моё сугубо личное мнение, что автору топика стоит проявить в этом и многих других вопросах самостоятельность.


1. Есть и возможно на форуме по распределенным вычислениям в том числе. Но я ищу по разным направлениям.
2. Возможно смогут, планирую после НГ поговорить с ними, хотя мне кажется РВ через интернет и суперкомпьютер это немного разные вещи.
Домен второго уровня мне кажется интереснее.
Мое мнение - всегда надо всех выслушать и делать так как считаешь нужным с учетом услышанного.
Offline bestdrug  
#34 Оставлено : 27 декабря 2008 г. 2:29:24(UTC)
bestdrug


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
Сообщений: 62

Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
arenda13 написал:
Повторяюсь, домен третьего уровня более важен для проекта "boinc.ru".
А для проекта вычислений это совершенно все равно.
Пример: проект Tanpaku.
адрес: http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp
уж точно не домен второго уровня.
Результаты, до того, пока он не закрылся:

total credit: 366,237,510
users: 16,744

Другие проекты:
http://dist.ist.tugraz.at/cape5/ - RCN
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ - Rosetta

А создатели этих проектов спокойно могли зарегистрировать домен второго уровня за 10 евро в год.



Создатели Rosetta зарегистрировали домен второго уровня - bakerlab.org называеся, Дэвид Бейкер, руководитель лаборатории, ему удобнее проект Rosetta держать на своем домене.
Доменом второго уровня легче управлять и тп. Ценой хостинга для сайта и ценой домена второго уровня можно пренебречь - за 400 р можно сделать на год все вместе. Это как раз не вопрос. Названий тоже можно придумать массу в принципе, а можно взять название закрывшегося проекта..
Offline hoarfrost  
#35 Оставлено : 27 декабря 2008 г. 4:02:42(UTC)
hoarfrost


Статус: Старожил

Медали: Переводчику: За помощь в создании сайтаРазработчику: За разработку приложения CluBORunДонор: За финансовую помощь сайту

Группы: Editors, Member, Administration, Moderator Crystal Dream, Moderators, Crystal Dream Group
Зарегистрирован: 05.10.2007(UTC)
Сообщений: 8,418
Мужчина
Откуда: Crystal Dream

Сказал «Спасибо»: 1254 раз
Поблагодарили: 1698 раз в 1079 постах
да и про einstein.phys.uwm.edu вместе с setiathome.berkeley.edu можно вспомнить. smile
UserPostedImage
Offline AlexA  
#36 Оставлено : 27 декабря 2008 г. 18:44:54(UTC)
AlexA


Статус: Administration

Медали: Переводчику: За помощь в создании сайта

Группы: Editors, Member, Administration, Russia Team Group, Moderators
Зарегистрирован: 02.10.2007(UTC)
Сообщений: 6,140
Мужчина
Российская Федерация
Откуда: "Russia Team"

Сказал «Спасибо»: 1250 раз
Поблагодарили: 1516 раз в 838 постах
Я вот что об этом думаю.
Название проекта и реклама - не первоочередные задачи. Если автору действительно хочется что-то такое "замутить", то нужно идти по такому пути (на мой взгляд):
1. Сделать альфа версию, использую имеющуюся инфраструктуру gerasim@home. Я думаю, что SerVal не откажет в этом, при серьезности намерений.
2. Для выполнения пункта 1 надо написать работающее приложение. Проконсультировать как и что у нас тоже есть кому. Если мне память не изменяет, то это Andrey.
3. выловить возникшие ошибки и отладить сам процесс выдачи заданий и обработку результатов вполне можно будет. Ну а потом можете собирать необходимые мощности, разворачивать на них бету и релиз, организовывать рекламу и пр.
Offline bestdrug  
#37 Оставлено : 29 декабря 2008 г. 18:04:15(UTC)
bestdrug


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
Сообщений: 62

Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
AlexA написал:
Я вот что об этом думаю.
Название проекта и реклама - не первоочередные задачи. Если автору действительно хочется что-то такое "замутить", то нужно идти по такому пути (на мой взгляд):
1. Сделать альфа версию, использую имеющуюся инфраструктуру gerasim@home. Я думаю, что SerVal не откажет в этом, при серьезности намерений.
2. Для выполнения пункта 1 надо написать работающее приложение. Проконсультировать как и что у нас тоже есть кому. Если мне память не изменяет, то это Andrey.
3. выловить возникшие ошибки и отладить сам процесс выдачи заданий и обработку результатов вполне можно будет. Ну а потом можете собирать необходимые мощности, разворачивать на них бету и релиз, организовывать рекламу и пр.


Это шаг 2. А шаг 1 - найти полностью готовую инфраструктуру. Попробовал пообщаться с руководителем лаборатории, где делался MD@HOME - в общем у него ничего не осталось и отношение к РВ крайне скептическое. Отчасти его понять можно - без хорошей рекламы конечно же мощности таких проектов ниже, чем у суперкомпьютеров. Даже не знаю удастся ли найти людей, которые этим занимались но MD@HOME это не единственный проект у которого можно попросить клиент и весь нужный софт.
Offline AlexA  
#38 Оставлено : 29 декабря 2008 г. 22:23:17(UTC)
AlexA


Статус: Administration

Медали: Переводчику: За помощь в создании сайта

Группы: Editors, Member, Administration, Russia Team Group, Moderators
Зарегистрирован: 02.10.2007(UTC)
Сообщений: 6,140
Мужчина
Российская Федерация
Откуда: "Russia Team"

Сказал «Спасибо»: 1250 раз
Поблагодарили: 1516 раз в 838 постах
bestdrug написал:

Это шаг 2. А шаг 1 - найти полностью готовую инфраструктуру. Попробовал пообщаться с руководителем лаборатории, где делался MD@HOME - в общем у него ничего не осталось и отношение к РВ крайне скептическое. Отчасти его понять можно - без хорошей рекламы конечно же мощности таких проектов ниже, чем у суперкомпьютеров. Даже не знаю удастся ли найти людей, которые этим занимались но MD@HOME это не единственный проект у которого можно попросить клиент и весь нужный софт.

Я чего-то недопонимаю.
Что Вы понимаете под инфраструктурой? Установленный сервер БОИНК? с организованной раздачей заданий, приемом и подсчетом результатов? Так это все, по крайней мере для начального отладочного этапа уже ест и функционирует.
Если Вы подразумеваете под этим чисто научную часть (создание клиента, подготовку и разработку моделей для обсчета и пр), то это и есть та проблема, которой должен заниматься ученый. В данном случае - Вы, как я понимаю. А если взять готовый исходник бывшего проекта MD, и запустить его на готовой развернутой платформе БОИНК, то что Вы хотите с этого получить и для чего этот проект будет нужен?
Я не могу понять - в чем Вы видите свою " миссию", в чем Ваша цель? У Вас есть научные идие и Вы хотите их изучить/подтвердить/опровергнуть/развить с использованием РВ, или Вы хотите использовать принцип РВ для помощи другим ученым для проверки и реализации других (ИХ) идей?
В первом случае тут готовы Вам помочь. Во втором, надо искать тех, кто хотел бы реализовать в подобных расчетах свои идеи. Мы искали, но понимания не нашли. sad
Offline hoarfrost  
#39 Оставлено : 30 декабря 2008 г. 0:09:56(UTC)
hoarfrost


Статус: Старожил

Медали: Переводчику: За помощь в создании сайтаРазработчику: За разработку приложения CluBORunДонор: За финансовую помощь сайту

Группы: Editors, Member, Administration, Moderator Crystal Dream, Moderators, Crystal Dream Group
Зарегистрирован: 05.10.2007(UTC)
Сообщений: 8,418
Мужчина
Откуда: Crystal Dream

Сказал «Спасибо»: 1254 раз
Поблагодарили: 1698 раз в 1079 постах
bestdrug написал:
Попробовал пообщаться с руководителем лаборатории, где делался MD@HOME - в общем у него ничего не осталось и отношение к РВ крайне скептическое. Отчасти его понять можно - без хорошей рекламы конечно же мощности таких проектов ниже, чем у суперкомпьютеров.

Если я помню правильно, то во времена MD@HOME не было BOINC и сам проект "был" на своей платформе. А это минус.
UserPostedImage
Offline Andrey  
#40 Оставлено : 30 декабря 2008 г. 4:43:42(UTC)
Andrey


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 04.10.2007(UTC)
Сообщений: 25
Мужчина
Откуда: Брянск

hoarfrost написал:
bestdrug написал:
Попробовал пообщаться с руководителем лаборатории, где делался MD@HOME - в общем у него ничего не осталось и отношение к РВ крайне скептическое. Отчасти его понять можно - без хорошей рекламы конечно же мощности таких проектов ниже, чем у суперкомпьютеров.

Если я помню правильно, то во времена MD@HOME не было BOINC и сам проект "был" на своей платформе. А это минус.


А так же добавьте, что в те времена влавствовал Win98 с его DOS ядром и 16-ти разрядными командами..
Таким проектам, как MD@HOME сейчас самое время на свалке лежать, а не белки считать...
Вобщем, то что было, то уже давно не правда...

to bestdrug:
И небольшая просьба к вам. Пожалуйста, потрудитесь подробнее изложить смысл ваших изысканий, а то одни общие фразы...
UserPostedImage
Пользователи, просматривающие эту тему
Guest
4 Страницы<1234>
Быстрый переход  
Вы не можете создавать новые темы в этом форуме.
Вы не можете отвечать в этом форуме.
Вы не можете удалять Ваши сообщения в этом форуме.
Вы не можете редактировать Ваши сообщения в этом форуме.
Вы не можете создавать опросы в этом форуме.
Вы не можете голосовать в этом форуме.

Boinc.ru theme. Boinc.ru
Форум YAF 2.1.1 | YAF © 2003-2018, Yet Another Forum.NET
Страница сгенерирована за 0.364 секунды.