Российские распределенные вычисления на платформе BOINC
Форум участников распределённых вычислений.

Добро пожаловать, Гость! Чтобы использовать все возможности Вход или Регистрация.

Уведомление

Icon
Error

Опции
К последнему сообщению К первому непрочитанному
Offline bestdrug  
#1 Оставлено : 20 декабря 2008 г. 12:58:00(UTC)
bestdrug


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
Сообщений: 62

Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
Ну может быть конечноя субъективно сужу, но все таки мне кажется, что разработка новых лекарств, которая зависит от знания структуры биомишеней принесет человечеству в целом и каждому отдельному человеку в частности намного больше пользы, чем решение фундаментальных задач, типа поиска внеземного разума и квантовых расчетов. Это все конечно тоже очень важные направления, но для людей не связанных напрямую с наукой разработка лекарств - самая близкая тема. Кто не болел гриппом, у кого нет знакомых которые болели раком?(и кто-то даже возможно умер). Кто не хотел бы, чтобы проблема СПИДа перестала существовать? Любое лекарство действует на определенные структурные фрагменты белков(и других биомишеней в более общем варианте). В тех случаях когда структуру биомишени можно определить экспериментально, разработка наиболее эффективного соединения - уже вопрос времени. А вот в тех случаях когда структура биомишени неизвестна возникают трудности, как с поиском биологически активных молекул, так и с определением механизма их действия (который обязательно должен быть изучен перед испытаниями препаратов на людях). Программы молекулярной динамики, такие как например GROMACS хорошо зарекоммендовали себя в проектах типа FOLDING@HOME, PREDICTOR@HOME для предсказания структуры белков.
Структура очень многих важных белков, а также структура их комплексов с потенциальными биологическими лигандами еще не посчитаны. Есть огромное поле для работы.
Кроме того, если привлечь и хорошие компьютерные ресурсы и хороших программистов(могу попробовать привлечь из штатов людей, если их заинтересует проект) можно сделать то, что пока насколько я знаю еще никто не делал - совместить полноценную молекулярную динамику(как в FOLDING@HOME, PREDICTOR@HOME) и скрининг соединений (как в FINDADRUG@HOME). Обычно виртуальный скрининг соединений подразумевает белок в статическом состоянии и поэтому схема выглядит так:
1) Виртуальный скрининг
2) Молекулярная динамика например 10-50 лучших соединений из виртуального скрининга, причем сделать молдинамику для большего числа молекул не позволяют ограниченные компьютерные ресурсы.
Совмещение этих двух процедур на системе с производительностью например от 100 терафлоп могло бы позволить проводить макисмально точное предсказание активных соединений - когда к докингу каждого содинения будет прибавляться например еще 500 пикосекунд молекулярной динамики, и ранжироваться соединения будут уже по результатам молекулярно-динамических исследований. Это даст максимальое приближение результата к эксперименту.

Offline hoarfrost  
#2 Оставлено : 20 декабря 2008 г. 23:40:08(UTC)
hoarfrost


Статус: Старожил

Медали: Переводчику: За помощь в создании сайтаРазработчику: За разработку приложения CluBORunДонор: За финансовую помощь сайту

Группы: Editors, Member, Administration, Moderator Crystal Dream, Moderators, Crystal Dream Group
Зарегистрирован: 05.10.2007(UTC)
Сообщений: 8,100
Мужчина
Откуда: Crystal Dream

Сказал «Спасибо»: 1131 раз
Поблагодарили: 1545 раз в 989 постах
На сайте TSC! Russia высказывался на эту тему вот так:
Цитата:
3. Не стоит забывать что человеческая мысль и прогресс идёт подчас совершенно невообразимыми путями. И что приведёт к тому же созданию лекарств - никто не знает. Может быть Rosetta с Folding-ом, может быть всё обойдётся без них, может именно окончательное разбирательство с тем, что такое гравитация позволит построить новые теории взаимодействия частиц и прояснит какие-то процессы на уровне молекул. А может прозорливее всех окажутся SETI-ане, найшедшие внеземной разум, который всему этому нас научит. А может путь лежит через CPDN, который покажет, что если все страны не изменят в срочном порядке свою экологическую политику, то нам не помогут ни иноплнетяне, ни лекарства, ни новейшие достижения Физики с нанотехнологиями.


Это я к тому, что мы вторгаемся в неизвестное. smile
UserPostedImage
Offline bestdrug  
#3 Оставлено : 21 декабря 2008 г. 0:00:32(UTC)
bestdrug


Статус: Интересующийся

Группы: Member
Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
Сообщений: 62

Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
hoarfrost написал:
На сайте TSC! Russia высказывался на эту тему вот так:
Цитата:
3. Не стоит забывать что человеческая мысль и прогресс идёт подчас совершенно невообразимыми путями. И что приведёт к тому же созданию лекарств - никто не знает. Может быть Rosetta с Folding-ом, может быть всё обойдётся без них, может именно окончательное разбирательство с тем, что такое гравитация позволит построить новые теории взаимодействия частиц и прояснит какие-то процессы на уровне молекул. А может прозорливее всех окажутся SETI-ане, найшедшие внеземной разум, который всему этому нас научит. А может путь лежит через CPDN, который покажет, что если все страны не изменят в срочном порядке свою экологическую политику, то нам не помогут ни иноплнетяне, ни лекарства, ни новейшие достижения Физики с нанотехнологиями.


Это я к тому, что мы вторгаемся в неизвестное. smile


Это очень философское мнение. Если отвечать в таких же общих рассуждениях, то скажем так: если SETI@HOME в отсутствие обнаружения внеземного разума даст нулевой результат, то моделирование фолдинга белков, в ЛЮБОМ случае даст НЕ нулевой результат, это в любом случае будут статьи, в любом случае будут данные, полезные для исследований и как максимум для создания новых лекарств. Т.е. считая фолдинг можно быть уверенным, что компьютерные ресурсы не пропадут.

Ну и по некоторым другим проектам можно немного пройтись...нужно ли долговременное знание климата, и возможно ли его спрогнозировать вообще с учетом существенного антропогенного влияния сегодня? и т.п. и т.д. В общем из всех проектов модинамика конечно наиболее требовательна к ресурсам и имеет наибольшее прикладное значение, а далее надо сравнивать уже молдинамические проекты.
Offline Sergey  
#4 Оставлено : 21 декабря 2008 г. 1:16:46(UTC)
Sergey


Статус: Частенько заглядывает

Группы: Member, Russia Team Group
Зарегистрирован: 08.08.2008(UTC)
Сообщений: 87
Мужчина
Откуда: Курск

Поблагодарили: 2 раз в 2 постах
О важности и необходимости, того или иного проекта можно устроить бесконечный спор.
Моё мнение чем больше проектов тем лучше.
Каждому участнику по любимому проекту!
С удовольствием отдам предпочтение Российскому проекту(проектам) - если они не противоречат моему ЛИЧНОМУ мнению.

Есть одно НО, к сожалению,(может и нет) форум читают не только люди с биологическим и медицинским образованием.
Возможно, bestdruq (Андрея Воронкова) не затруднит, оставить несколько комментариев.
А еще лучше написать краткую вводную статью для простых смертных о принципе и технологии (не о пользе).
Думаю что Администратор сайта с удовольствием разместит статью, на boinc.ru.

Лично мне, неясно что такое:
  • Биомишень - живая мишень?
  • биологическими лигандами - ..... связующими элементами?
  • Виртуальный скрининг - отбор методом научного тыка?
  • докингу каждого соединения - ?????
  • И как это, связанно с пользой человечеству?

    p.s. -Всё выше сказанное - только моё ЛИЧНОЕ мнение.
  • UserPostedImage
    Offline hoarfrost  
    #5 Оставлено : 21 декабря 2008 г. 1:30:51(UTC)
    hoarfrost


    Статус: Старожил

    Медали: Переводчику: За помощь в создании сайтаРазработчику: За разработку приложения CluBORunДонор: За финансовую помощь сайту

    Группы: Editors, Member, Administration, Moderator Crystal Dream, Moderators, Crystal Dream Group
    Зарегистрирован: 05.10.2007(UTC)
    Сообщений: 8,100
    Мужчина
    Откуда: Crystal Dream

    Сказал «Спасибо»: 1131 раз
    Поблагодарили: 1545 раз в 989 постах
    bestdrug написал:
    Это очень философское мнение. Если отвечать в таких же общих рассуждениях, то скажем так: если SETI@HOME в отсутствие обнаружения внеземного разума даст нулевой результат, то моделирование фолдинга белков, в ЛЮБОМ случае даст НЕ нулевой результат, это в любом случае будут статьи, в любом случае будут данные, полезные для исследований и как максимум для создания новых лекарств. Т.е. считая фолдинг можно быть уверенным, что компьютерные ресурсы не пропадут.

    Справедливости ради стоит заметить что нулевые результатов у научных экспериментов... ну может и бывают, но и "нулевой" результат - тоже результат. Да и сколько их у SETI@home? Это же не просто поиск непонятно чего. Прежде всего это "прочёсывание шума". И его непосредственные результаты могут быть полезны в разных областях

    Цитата:
    Ну и по некоторым другим проектам можно немного пройтись...нужно ли долговременное знание климата, и возможно ли его спрогнозировать вообще с учетом существенного антропогенного влияния сегодня?

    Дык с учётом этого и моделируют, чтобы понять что может произойти. smile

    Цитата:
    В общем из всех проектов модинамика конечно наиболее требовательна к ресурсам и имеет наибольшее прикладное значение, а далее надо сравнивать уже молдинамические проекты.

    Ну придумать ресурсоёмкий проект не проблема. Ramsey@Home тот же. 199 Считай - нехочу! Можно хоть до бесконечности.

    Но медицина, конечно, ближе к телу. smile
    UserPostedImage
    Offline bestdrug  
    #6 Оставлено : 21 декабря 2008 г. 20:14:20(UTC)
    bestdrug


    Статус: Интересующийся

    Группы: Member
    Зарегистрирован: 13.12.2008(UTC)
    Сообщений: 62

    Сказал(а) «Спасибо»: 7 раз
    Поблагодарили: 11 раз в 6 постах
    Да в общем то понятно конечно, что в РВ люди участвуют исходя из личных интересов и предпочтений.

    Биомишень - термин наследован из представлений Пола Эрлиха о лекарстве, как о "чудодейственной пуле", которая бьет в миень, критическую для развития какого либо заболевания. Ну например многие антибиотики действуют на клеточные стенки бактерий. В качестве биомишени могут выступать любые биологические молекулы - белки, ДНК, РНК, липиды, но чаще всего выступают белки, т.к. именно они чаще всего играют роль переключателей между различными процессами, в том числе патологическими и здоровыми состояниями например какого либо типа тканей или клеток.

    биологическими лигандами - вообще лиганд довольно широкий термин. Как правило лиганд это нечто, связывающееся с рецепторами, или акцепторами в клетках. Чаще всего лиганд - малая органическая молекула (например тестостерон), которая взаимодействует с биомишенью(например стероидные рецепторы).

    Виртуальный скрининг - это метод если хотите научного компьютерного тыка трехмерными структурами лигандов в биологические мишени и отбор тех лигандов, которые лучше всего воткнулись.
    И как это, связанно с пользой человечеству - лучшие воткнутые лиганды, для которых делаются биологические испытания активности имеют шансы стать лекарством.
    Основная задача - построение адекватной модели биомишени, с помощью фолдинга или т.н. молекулярной динамики (достаточно адекватно имитирует динамические условия эксперимента). Имея модель можно делать компьютерный скининг, для результатов которого в идеале надо сделать молдинамику и уже потом передавать на биологические испытания. Бонус по сравнению с экспериментов: изучение новых биомишеней, недоступных экспериментальным методам, а также минимальные финансовые затраты. Недостаток - точность предсказаний зависит от вычислительных ресурсов.


    Пользователи, просматривающие эту тему
    Guest (2)
    Быстрый переход  
    Вы не можете создавать новые темы в этом форуме.
    Вы не можете отвечать в этом форуме.
    Вы не можете удалять Ваши сообщения в этом форуме.
    Вы не можете редактировать Ваши сообщения в этом форуме.
    Вы не можете создавать опросы в этом форуме.
    Вы не можете голосовать в этом форуме.

    Boinc.ru theme. Boinc.ru
    Форум YAF 2.1.1 | YAF © 2003-2017, Yet Another Forum.NET
    Страница сгенерирована за 0.100 секунды.